وبعد تأسيس بطرسبورغ وسيطرة روسيا على الساحل الجنوبي لخليج فنلندا، فقدت شليسلبورغ أهميتها الاستراتيجية تدريجيا وتحولت إلى سجن سياسي. واحتُجز فيها النبلاء المدانون وأفراد من العائلة المالكة الذين لم تعد السلطة ترغب في وجودهم، وكان من أوائل نزلائها شقيقة بطرس الأول ماريا أليكسييفنا وزوجته الأولى إيفدوكيا لوبوخينا.

وكان القيصر إيفان السادس أبرز السجناء الذين ارتبط اسمهم بالقلعة. فقد عُزل عن العرش على يد إليزابيث بتروفنا وهو رضيع، وقضى معظم حياته في زنزانات شليسلبورغ. وفي عام 1764، قُتل على يد حراسه أثناء محاولة فاشلة لتحريره، وكان يبلغ من العمر 23 عاما فقط. ومن هنا ارتبطت القلعة بصورة السجن شديد الحراسة الذي يحتجز فيه أصحاب المكانة السياسية أو الملكية غير المرغوب فيهم.

واحتجزت القلعة كذلك عددا من الديسمبريين الذين شاركوا في الانتفاضة الفاشلة ضد الإمبراطور نيقولاي الأول عام 1825، إلى جانب أعضاء في منظمات ثورية روسية ومقاتلين من أجل استقلال بولندا.

وكان الضابط البولندي فاليريان لوكاسينسكي أحد هؤلاء السجناء، إذ أمضى في القلعة 37 عاما، وهي المدة الأطول التي قضاها سجينا في تاريخ الجزيرة.

وفي عام 1887، أُعدم شنقا الشقيق الأكبر لفلاديمير لينين، ألكسندر أوليانوف، في قلعة شليسلبورغ. وكان أوليانوف أحد منظمي "الفصيل الإرهابي" داخل منظمة "نارودنايا فوليا" (إرادة الشعب) السرية، وشارك في التخطيط لمحاولة اغتيال الإمبراطور ألكسندر الثالث.

ويشير المصدر إلى أن إعدام ألكسندر أوليانوف كان له تأثير كبير في توجه لينين لاحقا نحو الطريق الثوري، وهي صلة تاريخية كثيرا ما تُذكر في سيرته، وإن كانت دوافع لينين ومساره السياسي اللاحق أكثر تعقيدا من اختزالها في حادثة واحدة.

وبعد قيام السلطة السوفيتية، أُغلق السجن، واستخدمت القلعة أولا قاعدة بحرية، ثم تحولت لاحقا إلى متحف للثورة.